1962年夏季和秋季,加勒比海的局勢更爲惡化。古巴沿海周圍有多艘美國軍艦在遊弋、巡邏。古巴上空則有美國的U-2高空偵察機在偵察和監視。4月下旬,美軍還在加勒比海進行了大規模的軍事演習。蘇聯和古巴的情報機構還獲悉,美國征召了15萬預備役軍人,並允許古巴的流亡者參加美國的軍隊。此外,在1962年1月底,五角大樓和中央情報局已經制訂了旨在削弱和徹底推翻菲德爾·卡斯特羅政權的“貓鼬計劃”。自1962年起,美、古特務針對古巴道路、橋梁、煉糖廠的破壞活動層出不窮。國會兩院也通過聯合決議,聲稱將繼續援引門羅主義,准備在必要時刻以武力防止對西半球的所謂顛覆和侵略。美國媒體也發表了許多激烈地攻擊古巴的文章,甚至公開討論推翻卡斯特羅政權需要多少軍隊(結論是需要六個師)。總之,種種迹象都使蘇、古兩國毫不懷疑地認爲,一場針對古巴的全面侵略將要開始。
如果說,美國人擔心古巴將其他拉丁美洲國家引向社會主義,因此決不容忍社會主義古巴政權的存在,那麽,蘇聯恰恰相信,它不能失去“作爲一個社會主義國家而存在”的古巴,不能失去這個其他拉丁美洲國家的“現實榜樣”,不能丟失蘇聯在美國“後院”取得的這一戰略基地。
爲了“建立一種具體有效的遏制辦法來對付美國對加勒比海的幹涉”,赫魯曉夫決定采取“一些決定性的步驟來保衛古巴”。合乎邏輯的選擇就是在古巴部署導彈既能對付美國入侵古巴的威脅,又可以在西方謀求戰略均勢的角逐中發揮作用。美國用軍事基地包圍了蘇聯,蘇聯的導彈卻始終遠離美國本土;蘇聯在古巴部署導彈,顯然可以改變這種嚴重失衡的狀況。赫魯曉夫認爲,在美國察覺之前將導彈部署在古巴,就會迫使美國不得不顧及對卡斯特羅“采取輕率的軍事行動”將會造成的嚴重後果;即使美國采取了先發制人的打擊,蘇聯在古巴的導彈也不會全部被摧毀,只要能保留1/4或1/10,或者只留下一二個大的導彈,蘇聯還可以用這些力量襲擊美國，“我們仍舊能夠擊中紐約,而紐約勢將所剩無幾”。另外,赫魯曉夫對肯尼迪的輕視也促成了蘇聯的這一冒險行動。他認爲肯尼迪年輕、有知識,但沒有經驗,還不足以果斷地處理危機或铤而走險。因此,在古巴部署導彈完全符合了赫魯曉夫設想的“一種既能對付美國威脅又能避免戰爭的行動方針”。
實際上,1962年4月,當赫魯曉夫在保加利亞海濱勝地瓦爾那休假時,他就産生了上述想法。“在這段時間裏,在古巴設置導彈的想法逐漸在我心中成熟起來。從保加利亞回到莫斯科後,我繼續考慮此事的可能性。”4月底他首先同米高揚探討了在古巴部署導彈的可能性,5月初又與國防部長馬利諾夫斯基、外交部長葛羅米柯等少數人進行了商議。隨後,蘇共中央主席團成員及駐哈瓦那大使亞曆山大·阿列克謝耶夫等人就此事進行了正式的討論,並取得了共識。5月中旬謝爾蓋·比留佐夫元帥在阿列克謝耶夫及幾位導彈專家的陪同下,前往古巴向卡斯特羅通報了蘇聯在古巴部署導彈的建議。卡斯特羅表示,此舉“是一個非常冒險的行動”,“我們可能是和美帝國主義攤牌的第一個受害者”;“但是,如果做出這個決定對社會主義陣營來說是十分必要的,我想我們會同意把蘇聯導彈部署在我們這個島上”。
6月,古巴國防部長勞爾·卡斯特羅及政府要員切·格瓦拉相繼到蘇聯進行工作訪問。在同赫魯曉夫等人進行商談後,他們與蘇聯國防部長馬利諾夫斯基元帥草簽了關于在古巴部署蘇聯導彈的秘密條約。由于不久之後即由此引起了一場危機,這項條約並未得到雙方正式簽署和批准。它規定蘇聯在古巴部署地對空導彈和中程彈道導彈,並供應古巴伊爾-28型轟炸機。1962年6月古巴國防部長勞爾·卡斯特羅訪問蘇聯,要求更多的軍援。接著,赫魯曉夫采取冒險主義政策,以保衛古巴爲名,開始向古巴運送導彈,于是，蘇美之間開始了一場核賭博。
從1962年7月到美國實施封鎖之前,負責向古巴運送軍備人員和物資的80多艘船只,經過僞裝後從不同港口向古巴航行了100多次。大體可分兩個階段:
第一階段,從7月到9月初,軍火包括坦克、大炮、米格-21戰鬥機、地對空導彈(薩姆導彈);軍事人員已達到4000人左右。不過蘇聯在此階段運送武器表明,這仍然是一項旨在防禦的計劃,主要是爲了改進古巴的防空力量和海岸防禦力量。
第二階段,從9月初開始,蘇聯開始“秘密而迅速地”運送進攻性武器。9月2日,蘇聯與古巴發表聯合公報,宣布蘇聯將向古巴提供武器和軍事教官。9月8日、9月15日兩艘蘇聯貨船“奧姆斯克”號和“波爾塔瓦”號先後抵達哈瓦那,運來了第一批進攻性武器。以後,這類武器逐漸增加。其中包括:中程彈道導彈、能夠攜帶核彈的伊爾-28型轟炸機及輔助設備。蘇聯對古巴的軍運一直處于嚴格的保密之中。運送導彈的艦只以及擔任保衛的特遣艦隊也不知道航行的目的地。蘇聯國內的許多重要官員及外交機構都被蒙在鼓裏,政府中也只限于10-15人了解此事,即使擔任駐美大使的多勃雷甯和常駐聯合國代表瓦列裏安·佐林,也對此毫不知情。
然而美國人對蘇古軍事合作始終懷有高度的警惕。從1962年8月起,蘇聯軍事裝備及人員不斷地進入古巴的問題成爲白宮“一系列會議和彙報”的主題。在“貓鼬計劃”中能夠感覺到由于存在蘇聯急速向古巴提供軍事艦隊的迹象。在8月10日,特別小組會議上,中央情報局局長麥科恩表示了他的憂慮,他認爲蘇聯在古巴的投資將是建立中程導彈基地。
8月23日肯尼迪發布一系列政策指令作爲對蘇聯在古巴建設軍事基地的回應。認爲:
(1)我們與北約聯盟必須團結一致,尤其是在卡斯特羅服從于蘇聯這一新的證據之下,我們要采取緊急一致行動來限制他國與古巴的經濟合作。
(2)“貓鼬計劃”的方案應與時俱進。
(3)對于在古巴建設基地所引發的政治、軍事、心理上的沖擊需要准備一份分析報告(包括:地對空導彈和可能達到美國的導彈)
(4)要求國防部制定一個研究報告,關于我們將不允許一個可能會從古巴發射核彈來攻擊美國軍事基地的建議。從這裏我們可以看出,從8月份開始,肯尼迪政府已經開始關注蘇聯對古巴運送武器的問題,另外它通過了一項封鎖、襲擊或除了貓鼬行動之外的行動計劃,以解放古巴的行動。
盡管美國政府內部進行一系列的有關蘇古軍事基地建設的討論,但是美國始終沒有懷疑赫魯曉夫對美國的承諾,認爲蘇聯不會在古巴部署導彈的原因有三點:
(1)在1959年就開始出現了大量的有關蘇聯在古巴部署進攻性導彈的傳聞和報道,但是經過核實,它們都是失真的,毫無根據的，當時情報的來源主要是難民。
(2)肯尼迪政府中有人相信古巴導彈傳聞只是一些共和黨議員如基廷、巴裏·戈德華等人用來進行政治煽動的口實。如基廷曾在8月31日參議院的會議上宣稱:進攻性導彈已經安置在古巴,要求肯尼迪立即采取有力的報複行動,並譴責任何以“柏林交換古巴”的企圖。爲此,9月13日肯尼迪總統在一次記者招待會上宣稱美國“不能根據未經證實的傳聞和報道或是某一位國會議員拒絕告訴我們他是從什麽地方聽到的東西,來決定戰爭與和平的問題，我們要根據可靠的情報來行動”。
(3)蘇聯的掩蓋活動蒙蔽了美國的視線。首先,蘇聯從7月初運送武器,9月2日才與古巴發表向其提供武器的聯合公報。其次，9月6日赫魯曉夫給肯尼迪的信中明確表示:“在美國國會選舉以前,我們將不采取任何可能使國際形勢複雜化的或加劇我們兩國之間緊張關系的步驟，只要對方不采取任何會改變現狀的行動。”9月12日蘇聯報刊又刊登了《塔斯社聲明》,直接否認向古巴運送可攜帶核彈頭的導彈的必要性。9月18日赫魯曉夫強調蘇聯的清白無辜,指責美國對蘇聯駛向古巴的船只進行檢查。
美國對蘇聯的政策分析使美國確信蘇聯不敢在古巴部署導彈。因爲在此之前蘇聯從未在領土之外(包括東歐、中國)部署過導彈，這些地方對蘇聯更有軍事價值。肯尼迪政府始終認爲蘇聯在向古巴提供防禦性武器,這既可達到幫助古巴提高國防能力,又不會導致美國的反感。
盡管如此，美國還是嚴密地監視蘇聯向古巴運送軍火的進展,中央情報局建立了對古巴高空偵察每月兩次制度。8月29日美國 U-2高空偵察機發現了正在建造中的薩姆型地對空導彈發射場。9月4日肯尼迪總統提出警告,認爲古巴引進進攻性武器將對美國是嚴重的威脅。10月14日,U-2偵察機首次提供在古巴確有蘇聯進攻性中程導彈存在的攝影證據。當時,蘇聯在公開場合一直否認在古巴擁有任何進攻性武器。10月15日經專家分析鑒定,對沖洗出來的膠卷予以肯定。10月16日早晨彙報到美國總統處。據說這些蘇聯中程導彈射程1100海裏,從華盛頓到達拉斯都在其射程內，還包括美國所有戰略空軍基地。10月16日,肯尼迪總統成立由他最依賴的人士和國務院、國防部、中央情報局、司法部、財政部等有關部門組成的國家安全委員會執行委員會(ExComm執委會)開始研究對策,應付危機。其中包括國務卿迪安·臘斯克、國防部部長羅伯特·麥克納馬拉、中央情報局局長約翰·麥科恩、財政部部長道格拉斯·狄龍、總統國家安全事務助理麥喬治·邦迪、參謀長聯席會議主席馬克斯·泰勒將軍、副國務卿喬治·鮑爾、負責拉丁美洲事務的助理國務卿愛德華·馬丁、總統特別顧問索倫森、駐聯合國大使史蒂文森等。根據中央情報局的估計,蘇聯設在古巴的導彈基地還需10天才能使用。美國政府還有一周的時間研究對策。肯尼迪要求執委會的討論必須絕對保密,在導彈基地可以使用之前采取一種周密部署的行動,給蘇聯造成出其不意的威脅。
對肯尼迪政府而言,從得知這一消息開始,古巴導彈危機便開始了。
10月16日國家安全委員會的執委會開始工作。對蘇聯在古巴導彈問題進行了緊急磋商,分析了蘇聯在古巴部署導彈的五點動機:
(1)冷戰策略。赫魯曉夫想利用在古巴的導彈扼住美國的咽喉,以求在西柏林問題和美國海外基地問題上占據有利地位。
(2)轉移注意力。蘇聯在古巴的行動是想引誘美國出兵,引起國際社會對美國的不滿。
(3)爲了保衛古巴。古巴是蘇聯在西半球的衛星國,在蘇聯推行對外擴張政策以及對抗中國等方面都具有特殊的價值。
(4)討價還價的籌碼。蘇聯利用古巴問題當作與肯尼迪進行交易的籌碼,迫使美國同意簽訂對蘇有利的柏林協定或撤出在蘇聯周圍的海外基地。
(5)顯示導彈實力。在古巴部署中程導彈無疑是一種可以彌補與美國之間存在的導彈差距最有效方法。
在上述五種分析之中,肯尼迪認爲第一種可能最接近事實。執委會在討論中最先決定必須對蘇聯在古巴的行動做出堅決的反應，迫使蘇聯撤出在古巴的導彈。這不僅是由于對這一部署完成後美蘇戰略態勢可能發生的變化擔憂,而且是出于對美國國內的政治反應的考慮。在豬灣事件中,美國的失敗形象並沒有對肯尼迪本人有太多的影響,但卻成了共和黨抨擊民主黨政府態度軟弱的借口。倘若這次肯尼迪政府再無所作爲的話,那就不僅會有損他在政府成員中的威信,削弱他在國會裏的信譽,激起公衆對他的不信任,助長政府內部不滿分子抨擊他所有政策,而且還有可能再搞一次“豬灣事件”。因此肯尼迪政府爲了適應國際、國內需要,必須采取行動。
在10月16-17日期間,執委會對各種可能的行動方案進行了全面的討論。第一,“執委會”對蘇聯的動機進行了猜測。從公布的材料來看,“執委會”當時提出三種看法:參謀長聯席會議主席泰勒將軍認爲蘇聯在古巴設置導彈的目的在于增強蘇聯的戰略力量,這樣它會擁有更多直接威脅美國本土的導彈,國防部部長麥克納馬拉認爲,除非蘇聯想警告美國它會同時使用全部導彈打擊美國,否則，導彈運到古巴與在其本土沒有多大差別。他提出赫魯曉夫的主要意圖在于柏林問題,因爲這一問題是蘇美近兩年來鬥爭的焦點,邦迪提出第三個觀點,他認爲土耳其導彈基地問題是赫魯曉夫的主要目的所在。他是想讓美國品嘗一直在其眼皮底下設置導彈的滋味,正如蘇聯已經感受到的土耳其導彈基地的威脅一樣。但是,有一點執委會成員的認識是一致的,即他們都認爲蘇聯這一行爲的意圖只是在于威懾美國,以便得到最大的政治、外交利益。
第二,探索外交途徑解決危機。在16日的會議上,盡管“執委會”的主要精力放在軍事行動方面,但他們對外交途徑亦進行了不懈的探討,國務卿臘斯克提出兩條外交途徑。其一,聯合“北約”和美洲國家組織,通過"盟國”的力量向蘇聯施加壓力,但肯尼迪認爲“盟國”不會很快作出反應,如果他們相互推诿，浪費時間,會使蘇聯趁機建成導彈基地,造成既成事實,那樣問題就複雜化了。其二,與卡斯特羅單獨聯系,向他說明蘇聯的用意不在于“保衛”古巴,而是爲了獲取它在柏林或者其他地方的自身利益,如果卡斯特羅接受建議,美國會取得一箭雙雕之利,既可撤除古巴的導彈基地,又可使剛剛建立起來的蘇古關系破裂,但是,肯尼迪認爲這個建議幾乎沒有可考慮的余地。
新任駐法大使查理·波倫在赴巴黎之前晉見了肯尼迪,他認爲空襲不會“就像預料的那樣對其基地進行單一的迅速的處理”,而會導致與古巴的全面戰爭,蘇聯不可能袖手旁觀,這樣很可能導致世界大戰,因此,他建議肯尼迪在對古巴采取軍事行動之前先用外交手段與蘇聯秘密會談,向赫魯曉夫說清楚“我們不是開玩笑”。波倫的建議未被采納,因爲沒有人能確保在與蘇聯會談時,蘇聯會停止或拆除在古巴的導彈基地。與此同時,美國駐聯合國大使史蒂文森又提出另一條外交途徑,他建議美國與蘇聯交換軍事基地。肯尼迪首先反對,認爲這不是交換基地的時候,除非蘇聯撤除在古巴的導彈基地，否則美國不會單方面做出讓步。
通過對各種外交途徑的討論,肯尼迪對單純的外交方式已不感興趣,考慮到國內政治方面的要求和國際方面的影響,他認爲進行一次軍事行動對他個人利益和美國國家利益都有利。因此,作決定放棄尋求外交途徑解決。
第三,對軍事措施的選擇。外交途徑擱淺後,“執委會”開始考慮采取何種軍事行動。對此,“執委會”中分成“鷹派”和“鴿派”兩種意見。“鷹派”的軍事行動計劃包括“外科手術式"空襲、大規模轟炸以及空襲與入侵相結合。“鴿派”主張實行海上封鎖措施。最初，“鷹派”占了上風。10月16日,“執委會”會議伊始,麥克納馬拉和泰勒提出大規模轟炸建議,提出襲擊導彈基地、飛機場和那些隱蔽的飛機以及任何可能的核儲藏地,必要時還可兩棲入侵。泰勒強調，襲擊一定要取得100%的勝利。副總統林登·約翰遜積極支持泰勒的觀點,他甚至主張采用“阻截飛機、輪船、潛艇及其他裝備的措施”。這一建議很快遭到反對,邦迪認爲大規模轟炸會殺死許多人和無辜的古巴人,引起蘇聯的核報複。因此,“外科手術式”空襲是十分必要的,它既能實現美國的基本目標消除古巴導彈基地,又不至于引起蘇聯報複的巨大危險。17日,迪安·艾奇遜被召進執委會參加討論,他強烈要求實行“有限的”空襲計劃,認爲這樣既能消除導彈基地,又能實現最低限度的死亡,避免與蘇聯的核戰爭,李梅將軍堅決反對“外科手術式”空襲計劃。他認爲,古巴擁有薩姆基地,要取得空襲的徹底勝利比較困難,美國空襲時很可能會受到反擊,造成飛機和人員傷亡,而“有限”轟炸不能保證消滅蘇聯在古巴的全部軍事力量,爲此,他提出采取大規模轟炸與地面部隊相結合的計劃,但他沒有考慮到大規模轟炸帶來的後果以及蘇聯可能作出的進一步的反應。在口頭爭論時,一位“鷹派”成員承認蘇聯可能會對美國的襲擊作出反應。肯尼迪問道:“那時我們怎麽辦?”答:“按照北大西詳公約,我們有責任摧毀蘇聯本土上的一處核導彈基地。”肯尼迪接著反問:“那時他們會怎麽辦?”答:“噢,那時我們希望雙方冷靜下來進行對話。”
認識到大規模轟炸的代價和空襲計劃的危險後,執委會開始反對“鷹派”觀點。這時,“鴿派"的建議受到重視,副國務卿喬治·鮑爾首先提到封鎖計劃,他說,空襲“與珍珠港事件相似，進行突然襲擊並不是結束,而是開始”。羅伯特·肯尼迪率先支持這一意見。在他的影響下,邦迪和麥克納馬拉等也趨于實行海上封鎖。經過兩天討論,執委會大部分成員不再支持“鷹派”計劃,轉向了更具靈活性的海上封鎖計劃。最後提出六種可選方案：
(1)不采取任何行動,因爲導彈並未真正改變雙方戰略力量的對比。正如五角大樓的一些(並不是全部)顧問向總統指出的那樣,“我們已經長期生活在蘇聯導彈的射程之內，如果我們把他們這次在古巴部署導彈看得若無其事,我們就可以防止他誇大古巴導彈的重要性”。國防部部長麥克納馬拉開始強烈主張這一“無所作爲”的政策,但肯尼迪在執委會的第一次會議上就否決了這種對蘇聯行爲一律加以接受的政策。
(2)外交解決途徑。這包括向聯合國發出呼籲;建議美洲國家組織建立視察小組;通過美蘇最高級會議,直接與赫魯曉夫談判;以拆除在土耳其的導彈基地爲條件換取蘇聯在古巴采取相應行動。通過聯合國、美洲國家組織來解決危機是國務卿臘斯克提出的。建議同赫魯曉夫直接談判則是美國新任駐法大使查理·波倫在赴巴黎之前向肯尼迪提出的,他認爲空襲很可能最終導致世界大戰。用土耳其的導彈基地爲誘餌是在10月20日下午召開的國家安全委員會的會議中,由美國駐聯合國大使史蒂文森提出來的。他立即受到一些與會者的強烈指責,被稱爲“想搞慕尼黑”的人。盡管如此,由于其他方案所帶有的風險和障礙,通過外交途徑解決的方案總體上依然具有很強的吸引力。但肯尼迪從開始就反對這個方案,因爲它同古巴對美國造成的重大威脅相比顯得過于軟弱,且拖延時日,而蘇聯的導彈在此期間或許已經可以使用。
(3)勸說卡斯特羅。這是臘斯克所提出的又一外交解決途徑。他主張同卡斯特羅進行秘密接觸,一方面,對之進行誘惑,使古蘇軍事合作松懈乃至瓦解;另一方面,警告卡斯特羅:他若一意孤行,則古巴安全將無法得到保障。這一方案雖多次被考慮,但卻最終遭到擱置。肯尼迪認爲,不應回避由蘇聯在古巴設置導彈而引起美蘇兩大國對抗的事實而將注意力集中到古巴;實際上,卡斯特羅恰恰是受蘇聯控制的。
(4)入侵古巴。這意味著或者是摧毀古巴的導彈基地,或者是推翻卡斯特羅的政權。此方案是受執委會成員支持最少的一種,大多數成員相信入侵所涉及的風險太大，“入侵比其他任何一種方案都更容易冒一場世界大戰的風險、冒蘇聯在柏林和其他地方進行報複的風險、冒破壞我們的拉丁美洲政策的風險,以及冒在曆史上被控進行侵略的風險。”因此,他們覺得這一方案只應作爲不得已而爲之的最後一步被加以考慮。
(5)空中襲擊。即在事先發出警告或不發出警告的前提下襲擊古巴的導彈基地或者其他軍事目標。在執委會討論的初期階段,不少人認爲只有對古巴導彈基地進行一種“外科手術式的襲擊”才能解除眼前的威脅。持這一觀點的人包括參謀長聯席會議主席馬克斯韋爾·泰勒將軍、助理國防部部長保羅·尼采、財政部部長道格拉斯·狄龍等。到10月17日,邦迪和前國務卿艾奇遜也表示支持這一觀點,艾奇遜最後竟成了“鼓吹空中打擊的主將”。他們認爲,空中打擊可以迅速而有效地摧毀中程導彈基地和有關的導彈。他們不贊成封鎖的做法,認爲此舉難以迫使蘇聯人撤走導彈,甚至也無法使他們停止在導彈基地的工作。尤爲嚴重的是,封鎖還有可能引發與蘇聯的對抗,促使蘇聯人在柏林或世界其他地區采取相同的行動,並以此要挾美國拆除那些部署在蘇聯周圍的導彈,正如美國以蘇聯撤走在古巴的導彈爲條件才停止封鎖一樣。在執委會討論的最初階段,進行空中襲擊的方案得到了廣泛的支持,肯尼迪最初也對這種立場懷有強烈的興趣。但是,隨著討論的不斷深入,到了星期三,空襲方案也暴露出越來越多的缺陷。鮑爾第一個提出反對意見,而後麥克納馬拉和吉爾帕特裏克也表示反對空襲,支持進行封鎖。其原因是,第一,空襲的範圍很大,除導彈發射基地之外,還要包括古巴的若幹軍事設施,這就需要大規模的轟炸,從而肯定會引起古巴的抵抗和報複,乃至襲擊關塔那摩軍事基地甚至美國東南部。而且,大規模的空襲並不能保證所有導彈都被摧毀,也不能保證僅余的核彈頭不會被打向美國。總之,空襲不能徹底達到希望的目標,反而會由于引起古巴的抵抗和報複而最終又使入侵古巴成爲必要的解決方案。第二,空襲無法解決預先警告的矛盾。不發出警告,就違反了一種道義原則,用司法部部長羅伯特·肯尼迪的話來說,就成了“珍珠港事件”的重演;而事先發出警告,又會使蘇聯獲得時間進行掩蓋,從而獲得外交上的主動權。第三,在古巴正是蘇聯人控制了導彈,空襲並不能保證只殺死古巴人,因此,就更有可能引起蘇聯的強烈反應,而且蘇聯在那樣的情況下是絕對無法退卻的。最終的結果將是美蘇之間的軍事對抗以及對抗之後的談判。
(6)封鎖。既然空中打擊的種種缺陷無法被克服,于是國防部長麥克納馬拉所極力主張的封鎖就成了唯一的選擇了。封鎖可采取多種形式,並可輔以空中監視及間接的軍事行動。在10月16日下午和晚上的討論中,封鎖作爲一種選擇已首先被副國務卿喬治·鮑爾提了出來,他說空襲“與珍珠港事件相似，並不是結束而是開始”。到17日,麥克納馬拉已成爲這一設想的“最堅決的鼓吹者”。“他爭辯說,封鎖是一種有限的壓力,可根據情況需要而逐步增加;不僅如此,它還是一種引人注目而強有力的壓力,這種壓力能爲對方所理解,但是,最重要的是,仍然可以由我們來控制事態的發展。”羅伯特·肯尼迪也從一開始就支持封鎖。“我支持麥克納馬拉贊成采取封鎖的立場。這並不是因爲我深信它就是一種成功的行動方針,而是感到它比起軍事襲擊來具有較多的靈活性和較少的不利條件。最重要的是,我像別人一樣,不能接受這樣一種主意,即美國將大規模轟炸古巴,在一次突然襲擊中殺害成千上萬平民，不管甯願主張襲擊而不主張封鎖所提出的軍事和政治的論點多麽正確,美國的傳統和曆史決不允許采取這種行動方針，如果我們想在國內外保持美國的道義立場的話,我們就不能這樣做。”當然封鎖本身也並非是完美無缺的方案。例如,它侵犯了公海航行的自由,違背了聯合國憲章和國際法,並幾乎肯定會引起蘇聯對西柏林實行同樣的行動。封鎖也同樣具有空襲的一些的缺點:倘若蘇聯船只拒絕停航,雙方可能要海上進行交火,乃至在其他地區引起更爲嚴重的軍事對抗。此外,封鎖也可能使事態拖延,引發一系列不良反應,最後甚至會失去進行空襲的時機。然而與封鎖的缺點相比，它的優點卻顯得更爲突出。封鎖是比空襲“更爲有限、更爲低調”的有節制的軍事行動。對蘇聯來講,封鎖給赫魯曉夫留下退卻的余地，他可以選擇讓蘇聯艦只離開的做法,從而也就避免了軍事交鋒。對美國來講,封鎖只是最初的一步,根據需要美國可以逐步或迅速使軍事行動升級,這就給自己留下了選擇的空間和時間。萬一出現了雙方間的軍事沖突,美國也在加勒比海占有軍事上的優勢。並且,對于其他國家來講,封鎖是一種比直接的軍事行動更易接受的方式,如此,美國也可以不必承擔空襲所帶來的道義負擔。在討論實施封鎖問題時,肯尼迪決定使用“隔離”這一說法,從而規避了破壞公海航行自由的責任。從形式上說,“隔離”的法律根據主要是根據美洲國家組織憲章的規定,即成員國有權利采取“集體措施以保衛美洲的安全”,這就使美國的行動在法律上更加具有合理性。
到10月18日晚上,執委會的多數成員都已接受了封鎖這一方案。
其理由爲以下三點:第一,空襲的範圍很大,除導彈發射場外還包括古巴的若幹軍事設施,這就需要大規模的轟炸,從而肯定會引起古巴的報複。空襲不能徹底達到希望的目標,反而會引起古巴的抵抗和報複而最終又使入侵古巴成爲必要的解決方案。第二,空襲無法解決預先警告的矛盾。第三,在古巴是蘇聯人控制導彈,空襲並不能保證只殺死古巴人,因此就更有可能引起蘇聯的強烈反應,最後國防部長麥克納馬拉所極力主張的封鎖成爲唯一的選擇。10月19日肯尼迪接受封鎖政策,爲使封鎖更加合法化,10月20日肯尼迪批准了封鎖政策,但保留隨時有空中打擊的權力。10月22日晚，肯尼迪總統發表電視演說,提出7項初步措施:
(1)對一切正在駛往古巴的裝有進攻性軍事裝備的船只實行海上“隔離”;
(2)加強對古巴本土的監視;
(3)從古巴發射的任何核導彈將被認爲是蘇聯對美國的攻擊，需要對蘇聯作出充分的報複性的反應;
(4)加強美國在關塔那摩基地的力量;
(5)立刻召開美洲國家組織會議,討論對西半球的威脅;
(6)召開聯合國安全理事會緊急會議,審議蘇聯對世界和平的威脅,提案“將要求在聯合國觀察員的監視下迅速拆除和撤退在古巴的一切進攻性武器,然後封鎖才能解除”;
(7)呼籲赫魯曉夫放棄這種“統治世界的方針”,共同做出曆史性的努力。根據肯尼迪的命令,美軍海軍部派遣40艘軍艦和2萬名海軍士兵支持封鎖古巴的行動。美國在世界各地的三軍部隊也進入戒備狀態,形成戰爭一觸即發之勢。
宣布隔離行動前,美國做了一切准備性措施:首先,美國得到了美洲國家組織的支持。
由于肯尼迪在演說中聲稱蘇聯在古巴部署導彈,目的是要對西半球進行核打擊,因此,他將要采取的行動就要取得西半球的美洲國家的支持和認可。美國要在加勒比海對古巴進行封鎖,同時還准備對古巴采取軍事行動,如果得不到拉丁美洲國家的支持,美國就會道到譴責,成爲侵略者。得到拉丁美洲國家的支持,他就能把侵略的標記加到古巴身上。因此,美國極力尋求美洲國家組織通過一項決議，給自己的行動制造合法的外衣,也利用美洲國家組織給古巴、蘇聯施加壓力。爲了使隔離行動有充分的理由,美國對拉丁美洲國家進行拉攏。10月23日美洲國家組織召開會議討論美國提出的決議草案:
(1)要求從古巴撤出一切導彈和其他進攻性武器;
(2)建議美洲國家組織成員國個別地和集體地采取措施以保證古巴不再得到進攻性軍事設備,並防止導彈成爲對美洲和平與安全的威脅;
(3)請求聯合國接受美國的決議草案並派遣聯合國觀察員前往古巴。
美國國務卿臘斯克和美國駐美洲國家組織大使莫裏森在會上進行了大量的拉票活動。在墨西哥和巴西的堅持下,會議對決議草案進行了分別表決,會議表決投票的結果通過了支持美國對古巴實行封鎖的決議案,使美國實施的隔離具有“集體制裁”的色彩。
其次,美國竭力尋求聯合國及歐洲盟國的支持。
10月23日美國代表史蒂文森向安理會提出決議草案,要求在聯合國觀察員的監督下撤走在古巴的蘇聯導彈以及其他進攻性武器。美國利用聯合國進行外交鬥爭是肯尼迪政府爲解決古巴導彈問題而制定的整個鬥爭策略的組成部分。10月23日,安理會在佐林的主持下召開。會議除了美國的要求外,還有蘇聯關于美國破壞聯合國章程和威脅和平的問題以及古巴的關于美國對古巴的侵略問題。10月25日美國在安理會同蘇聯進行了公開辯論,史蒂文森向蘇聯駐聯合國大使佐林提出在古巴是否擁有蘇聯進攻性導彈的質問。最後迫使安理會休會。在歐洲,作爲美國代表,艾奇遜將美國要采取的行動通知了戴高樂、阿登納,並向北約組織做了彙報。阿登納、戴高樂和麥克米倫迅速表示了公開支持美國的立場,北約組織通過了要求蘇聯撤出導彈的決議。
再次,在軍事上美國也采取了一系列的准備措施。
肯尼迪發表電視講話前,整個美國進入了“三級戒備狀態”。100枚宇宙神、50枚大力神和12枚民兵洲際彈道導彈可隨時被發射;500架轟炸機裝好了炸彈,而且分散部署;90架B-52轟炸機攜帶核彈在大西洋上空等待命令;海外基地、航空母艦、核潛艇也都做好戰鬥准備。
肯尼迪政府爲實施隔離政策而采取的准備性措施,不僅顯示了美國爲實現封鎖而具有的能力,也表明美國不惜一戰的決心。然而，肯尼迪相當謹慎,給赫魯曉夫留下了足夠的回旋余地。
蘇聯政府于1962年10月23日發表聲明指出,美國進行這種冒險,就是朝著熱核戰爭走去。聲明警告美國政府:如果實行肯尼迪總統宣布的措施,他就要對世界的命運承擔嚴重的責任,他就是輕率地玩火。聲明表示,要按蘇、古協議繼續用武器援助古巴,堅決拒絕美國攔截,對美國的威脅將進行最強烈的回擊,並建議安理會立即召開會議討論“關于美國破壞聯合國憲章和威脅和平”的問題。
10月24日上午9時,隔離生效。美國在古巴領海周圍設置了警戒線,近百艘艦艇在空軍和航空母艦護衛下,駛入警戒線海域，攔截和搜尋駛往古巴的船只。剛過一小時,就有2艘蘇聯船只“加加林”號和“科米萊斯”號距離障礙物只有幾海裏之遙。一瞬間,戰爭似乎就要降臨了。但到了10時25分,蘇聯船只停止不前了。又過了7分鍾,報告說駛向古巴的20艘蘇聯船只都在攔截線旁邊停了下來,或者掉頭回去了。這一天只放行了蘇聯油輪“布加勒斯特”號和民主德國客輪“人民之友”號。
在聯合國,加納和埃及這兩個不結盟國家代表亞非45國提出決議草案,要求聯合國代理秘書長吳丹同爭執雙方進行磋商,並要雙方暫時不使局勢惡化。吳丹接受此決定草案,立即向美蘇雙方發出同樣內容的信件,建議停止向古巴運輸軍火三個星期,同時暫停封鎖。他還向卡斯特羅發出信件,要求停止任何可能使局勢惡化的措施。
10月25日,赫魯曉夫表示接受吳丹的建議。肯尼迪則重申“答案”在于“撤走”蘇聯武器,但又說美國駐聯合國大使史蒂文森准備進行商談。在聯合國安理會上,史蒂文森尖刻地逼著蘇聯駐聯合國大使佐林當場承認或者否認在古巴有蘇聯武器,並出示有關導彈設施的照片。這使得安理會不得不休會,直到危機過後才複會。
與此同時,古巴人民發出了與美國鬥爭到底、誓死保衛祖國的呼聲。10月23日,卡斯特羅通過電視譴責“這種國際少有行動”,聲明“我們將購買任何我們要買的武器,不需要告訴任何人我們要做什麽”,完全拒絕對古巴進行國際調查的任何主張。10月26日,卡斯特羅宣布總動員。勞爾·卡斯特羅則宣布,進攻古巴將意味著世界大戰。
形勢日趨嚴重，10月26日早上7時,美國強行檢查了第一艘船只,這是由蘇聯租用的“馬盧克拉”號,正從波羅的海駛往古巴。結果沒有發現載運武器,被美方放行。肯尼迪總統還命令國務院著手准備一項應急計劃,以備在入侵和占領古巴後建立一個文官政府。美國司法部部長、肯尼迪總統弟弟羅伯特·肯尼迪私下向蘇聯駐美大使多勃雷甯表示,總統至多只能再克制兩天了。
危機終于出現了轉機，26日下午1點半,蘇聯使館的參贊亞曆山大·福明找到美國廣播公司電視台采訪國務院消息的記者約翰·斯卡利,要他向臘斯克國務卿試探一下,是否可能以答應撤除導彈並保證不再把進攻性武器運進古巴來換取美國不侵入古巴的保證。肯尼迪總統得知後,表示可以接受。當晚6時,肯尼迪接到赫魯曉夫一封冗長的親筆信。因爲時間太緊的緣故,該信是破例由蘇聯外交部送到美國使館的,最後一頁尚未蓋章,其內容包含福明所言的同樣建議。赫魯曉夫第一次承認古巴有蘇制導彈,表示決不再向古巴運送武器,已在古巴的則可加以撤除或銷毀,美國應以解除封鎖和同意不入侵古巴作爲交換。
然而,10月27日,赫魯曉夫再次給肯尼迪寫信,信中提出要以美國撤出在土耳其的導彈作爲撤走蘇聯在古巴導彈的條件。
根據羅伯特·肯尼迪的建議,肯尼迪總統決定避開27日的信件不答,直接就26日的私函作出答複。答複提出:第一,蘇聯在聯合國適當的監督和核查下從古巴撤走進攻性武器系統,並保證不再把類似武器運入古巴;第二,美國方面迅速撤銷隔離措施,保證不進攻古巴。與此同時,羅伯特·肯尼迪私下裏告訴多勃雷甯大使,肯尼迪總統早就急切地希望從土耳其和意大利撤走導彈,並將在危機過去後不久就會采取行動。
赫魯曉夫在28日的回信中,一筆勾銷了以撤除土耳其的導彈爲對等條件,表示將下令撤除蘇聯在古巴的導彈,並同意讓聯合國代表核實導彈的撤除,要求美國就解除對古巴的封鎖迅速達成協議。他請求雙方要“謹慎、克制,不可把事情搞到致命的地步”。 肯尼迪當即于28日複信發表聲明,歡迎赫魯曉夫的“這一具有政治家風度的決定”。11月2日,美國國務院發言人宣稱,美國不僅要求蘇聯撤除在古巴的導彈和導彈發射架,並且要求撤走在古巴的伊爾-28型轟炸機。11月21日,赫魯曉夫同意在30天內撤走這些飛機,美國也宣布取消海上封鎖。至此,古巴導彈危機基本平息。
古巴導彈危機的高潮已經過去,但還留下了幾個有待解決的問題:
（1）對蘇聯撤出在古巴的導彈的國際核查問題。當赫魯曉夫在未和卡斯特羅商量的情況下于28日致肯尼迪的公開信中擅自答應由聯合國負責核查武器後,卡斯特羅提出強烈的抗議,卡斯特羅表示不反對蘇聯運走戰略性武器,但堅決反對聯合國就武器的拆除和撤走、對古巴進行視察。卡斯特羅認爲視察是對古巴主權的侵犯。11月2日蘇聯派米高揚去古巴做卡斯特羅的工作。11月5日美國向蘇聯施壓,兩國就撤走導彈問題達成協議:蘇聯把導彈作爲艙面貨物放在甲板上,在不侵犯蘇聯主權的條件下,美國的封鎖船只可以清點導彈數目。11月26日卡斯特羅才最後原則上同意聯合國觀察員到古巴進行實地視察,但他只接受由在古巴的中立國的大使們擔任的觀察員，而且以美國全部接受他提出的五項條件作爲交換。
（2）關于撤走伊爾-28型轟炸機的問題。卡斯特羅聲明這些飛機的所有權屬于古巴,不允許蘇聯將它們撤走,而美國則堅持這一要求。11月6日肯尼迪致信赫魯曉夫,堅持伊爾-28型轟炸機必須撤走。11月19日在與米高揚進行11天談判後,卡斯特羅最終同意,蘇聯在拆除部署在古巴的42個導彈發射架的同時,撤走伊爾-28型轟炸機,同意美國在這些飛機離去時對它們進行觀察和點數。
（3）關于拆除土耳其的導彈的問題。1959年艾森豪威爾政府曾在土耳其部署了導彈,作爲對蘇聯的導彈威脅的回應。在古巴導彈危機期間拆除美國在土耳其的導彈成了美蘇交易的一部分,肯尼迪與赫魯曉夫就此達成了秘密交易。1963年4月,部署在土耳其和意大利的導彈終于被拆除了。
（4）關于美國不入侵古巴的承諾。在1962年11月20日以後,古巴導彈危機還剩下一個重要的問題:蘇聯要求美國正式保證不入侵古巴,爲此又折騰了一個半月。雙方無法達成協議。1962年10月27至28日,肯尼迪和赫魯曉夫交換過信件,最後肯尼迪又作了口頭保證,這件事當時就擱下來了。美國本來願意保證自己無意入侵古巴，但不願意給古巴和蘇聯開出空白支票。假如情況有變化，比如說古巴被用作侵略某一鄰國的基地，那麽,根據聯合國憲章第51條以及美洲國家組織的裏約熱內盧條約關于集體自衛的權利與義務的規定,美國有權對古巴采取軍事行動,因此美國堅持保留自己這一權利。從實際上看,情況是否變化因而是否采取軍事行動,都要由美國單方面作出決定,所以,作出空洞的保證沒有意義。最後,蘇聯無可奈何,只好滿足于肯尼迪總統信件中作出的含糊保證了。
自從核武器誕生以後，核大國之間不交戰已經成了共識，但是古巴導彈危機差點讓兩個核大國發生戰爭，威脅到了全人類的安全，好在及時解決了，否則後果不堪設想。
