截止1916年6月，中央已擁有拱衛、禁衛兩個軍，13個師（一至十二、二十），十七個混成旅（一至十六、及山東第四十七旅）。袁世凱陰謀稱帝失敗去世後，他的左右手、北洋嫡系段祺瑞和馮國璋彼此傾軋，遂分裂爲直皖兩系。

掌握實權的國務總理兼陸軍總長段祺瑞控制的兵力有9個師、14個混成旅（第四、第五、第七、第九、第十、第十七師；邊防軍第一、第二、第三師；第六、第八、第十、第十三、第十五、第二十、第二十四、第四十七及邊防第一、第二、第三、第四混成旅。）勢力範圍有北京、山西、山東、陝西、福建、安徽、浙江、甘肅、察哈爾、上海、湖南、四川等省。因段系安徽合肥人，後人稱他及其集團爲皖系。

各省皖系段的支持者和親信都升官晉級。1917年9月，自封山西省長的閻錫山被段祺瑞正式任命兼任山西省長；山東督軍張懷芝、陝西督軍陳樹藩、福建督軍李厚基都被加官兼任省長；並派淞滬護軍使盧永祥會辦江蘇軍務，企圖奪取江蘇實權。段祺瑞又同時發表傅良佐爲湖南督軍、吳光新爲長江上遊總司令兼四川查辦使。從此，皖系勢力染指湘、川，形成皖系統治時期的軍事、政治局面。

中央陸軍戰鬥序列及師長名錄：

中央陸軍第一師，直系，駐綏遠。原清末北洋陸軍第一鎮，1912年8月鎮改爲師。

師長 蔡成勳，直隸天津人，北洋武備學堂畢業，時任綏遠都統，以鄉誼關系依附于徐世昌。

中央陸軍第二師，直系，駐湖北。原清末北洋陸軍第二鎮，1912年8月鎮改爲師。

師長 王金鏡，山東武城人，北洋武備學堂畢業，1918年2月因與護法軍作戰失利，被免職。

師長 王占元，山東館陶人，北洋武備學堂畢業，湖北地方實力派，長江三督之一。

中央陸軍第三師，直系，駐河南洛陽。原清末北洋陸軍第三鎮，1912年8月鎮改爲師。

師長 曹锟，直隸天津人，北洋武備學堂畢業，原爲袁世凱心腹，初在段馮傾軋時左右逢源，後馮國璋病逝，他成爲直系新任首領，並決意與段祺瑞一決高下。

師長（署） 吳佩孚，山東蓬萊人，北洋陸軍速成武備學堂畢業，曹锟心腹。

中央陸軍第四師，皖系，駐浙江。原清末北洋陸軍第四鎮，1912年8月鎮改爲師。

師長 楊善德，安徽懷甯人，北洋武備學堂畢業，浙江地方實力派，頗受段祺瑞器重，死于任上。

師長 陳樂山，河南羅山人，日本陸軍士官學校畢業，後爲盧永祥重要副手。

中央陸軍第五師，皖系，駐山東。原清末北洋陸軍第五鎮，1912年8月鎮改爲師。

師長 張樹元，山東無棣人，日本陸軍士官學校畢業，山東地方實力派。1919年12月受濟南血案及侵吞軍費醜聞影響，被迫離職。

師長 鄭士琦，安徽肥東人，安徽陸軍隨營學堂畢業。

中央陸軍第六師，直系，駐江蘇南京。原清末北洋陸軍第六鎮，1912年8月鎮改爲師。

師長 齊燮元，直隸甯河人，日本陸軍士官學校畢業，李純重要副手。

中央陸軍第七師，皖系，駐四川。1914年10月由第三混成旅及所屬備補營改編。

師長 張敬堯，安徽霍邱人，保定陸軍軍官學校畢業，皖系將領。

中央陸軍第八師，直系，駐四川。1913年8月由拱衛軍前路及炮兵一營、輔衛軍步兵五營、新募三營合編。

師長 王汝賢，直隸密雲人，王汝勤胞弟，北洋武備學堂畢業，1918年2月因與護法軍作戰失利，被免職。

師長 王汝勤，直隸密雲人，日本陸軍士官學校畢業。

中央陸軍第九師，皖系，駐近畿。1918年6月由模範團一部及第五混成旅擴編。

師長 魏宗瀚

中央陸軍第十師，皖系，駐浙江杭州。1914年5月由第五混成旅擴編。

師長 盧永祥，山東濟陽人，北洋武備學堂畢業，皖系幹將，主要負責應付長江中下遊直系勢力的意外事變。

中央陸軍第十一師，直系，駐湖南。1916年1月由模範團一部擴編。

師長 張永成，1917年10月辭職。

師長 李奎元

中央陸軍第十二師，直系，駐江西。1916年1月由模範團一部擴編。

師長 陳光遠，直隸武清人，北洋武備學堂畢業，長江三督之一。

中央陸軍第十三師，直系，駐近畿。1916年7月由拱衛軍改編。

師長 李進才

中央陸軍第十四師，滇軍，駐四川。1917年4月，由駐川滇軍第一師改編。

師長 顧品珍，雲南昆明人，日本陸軍士官學校畢業，駐川滇軍頭目。

中央陸軍第十五師，直系，駐直隸保定。由第五混成旅擴編而成。

師長 劉詢

中央陸軍第十六師，直系，駐江蘇。1917年9月由禁衛軍改編。

師長 王廷桢，直隸天津人，日本陸軍士官學校畢業，馮國璋重要副手。

中央陸軍第十七師，湘軍，駐湖南。

師長 陳複初，湖南沅陵人，日本陸軍士官學校畢業，湘軍將領。

中央陸軍第十八師，直系，駐湖北。1916年由湖北督軍王占元呈請，以湖北第六混成旅及混成第二團合並成師。

師長 王懋賞

中央陸軍第二十師，直系，駐陝西。原清末新軍第二十鎮，1912年8月鎮改爲師。

師長 範國璋，直隸天津人，北洋武備學堂北洋，1918年2月因與護法軍作戰失利，被免職，留營效力贖罪。

中央陸軍第二十一師，川軍，駐四川。1918年1月由川軍第二師改編。

師長 劉存厚，四川簡州人，日本陸軍士官學校畢業，四川武備系首領。

中央陸軍第二十二師，川軍，駐四川。1918年7月由川軍第三師改編。

師長 鍾體道，四川綿竹人，四川陸軍武備學堂畢業，四川武備系頭目。

中央陸軍第二十七師，奉系，1912年9月由奉天中、前兩路巡防營改編。

師長 孫烈臣，奉天黑山人，綠林出身，張作霖把兄弟及早期重要副手。

中央陸軍第二十八師，奉系，1912年9月由奉天左路巡防營改編。

師長 張作霖，奉天海城人，綠林出身，奉系軍閥首領。1917年因原師長馮德麟參與張勳複辟，張趁機奪其第二十八師兵權。

師長 汲金純，奉天海城人，綠林出身，馮德麟舊部。

中央陸軍第二十九師，奉系，1917年6月 ，由奉天第二騎兵旅與奉天後路巡防營合並編成。

師長 吳俊升，奉天昌圖人，行伍出身，張作霖把兄弟及重要軍事盟友。

西北邊防軍，段祺瑞欲以武力統一西南各省，于1919年6月將對德宣戰時成立的參戰軍改稱西北邊防軍，擴軍爲3師4旅，配備青年軍官，全部軍械來源于日本。直皖戰爭中，西北邊防軍慘敗，第一、第三師遺散，第二師裁並爲山東第七混成旅。第一、第二、第四旅被遣散，第三旅赴庫倫駐防。

總司令 徐樹铮，江蘇蕭縣人，日本陸軍士官學校畢業，段祺瑞心腹，皖系四大金剛之一。

邊防軍第一師（皖系，駐近畿）師長 曲同豐，山東福山人，日本陸軍士官學校畢業。

邊防軍第二師（皖系，駐山東）師長 馬良，直隸清苑人，回族，北洋武備學堂畢業。

邊防軍第三師（皖系，駐近畿）師長 陳文運，河南光山人，北洋陸軍隨營學堂畢業。

西北邊防軍第一旅（皖系，駐洛陽）旅長 宋邦翰，安徽廬州人，日本陸軍士官學校畢業。

西北邊防軍第二旅（皖系，駐廊房）旅長 宋子揚

西北邊防軍第三旅（皖系，駐宣化）旅長 褚其祥，江蘇徐州人。

西北邊防軍第四旅（皖系，駐洛陽）旅長 張鼎勳

中央陸軍第一混成旅，直系，駐山東。1914年8月由中央陸軍第五師第十旅改建。

旅長 潘鴻鈞，山東蓬萊人。

中央陸軍第二混成旅，直系，駐河南。

旅長 孔繁霨，山東滕縣人，日本陸軍士官學校畢業。

中央陸軍第三混成旅，直系，駐江西。1915年冬募兵編成。

旅長 周貴祥，1916年8月署；陳光逵，1917年11月任。

中央陸軍第四混成旅，直系，駐陝西。1917年8月由近畿陸軍第二旅奉命改編。

旅長 張錫元，直隸密雲人，北洋武備學堂畢業。

中央陸軍第五混成旅

旅長 魏宗瀚，1917年10月任；朱澤貫，1918年7月任。

中央陸軍第六混成旅，皖系，駐上海，由中央陸軍第四師一部改編而成。

旅長 王懋賞；何豐林，山東平陰人，北洋武備學堂畢業，盧永祥重要副手。

中央陸軍第七混成旅，駐湖南、山東。

旅長 唐天喜，河南沈丘人，袁世凱親信。

中央陸軍第八混成旅，皖系，駐河南。

旅長 徐占鳳；靳雲鹗，山東鄒縣人，靳雲鵬弟，保定速成參謀學堂畢業，後轉投新直系。

中央陸軍第九混成旅，直系，駐江西。

旅長 丁效蘭，1919年12月辭；吳鴻昌

中央陸軍第十混成旅，皖系，駐福建。

旅長 唐國谟，1914年9月任；賈文祥，1919年4月任。

中央陸軍第十一混成旅，皖系，駐福建。

旅長 王麒，1914年9月任。

中央陸軍第十二混成旅，直系，駐山西。

旅長 黃國棟，1914年9月任，1917年4月免職；孔繁霨，1917年6月任。

中央陸軍第十三混成旅 ，直系，駐四川。1916年初由暫編第一混成旅改編。

旅長 李炳之，1916年1月任；張繼善，1919年7月任。

中央陸軍第十四混成旅，直系，駐福建。1916年由第十師赴閩之第十九旅沈于海團改編。1917年9月擴充爲福建陸軍第二師。

旅長 董崇仁

中央陸軍第十五混成旅，直系，駐陝西。1914年9月中央陸軍第七師裁撤，改成第十五、十六兩混成旅。

旅長 管金聚，1916年7月任。

中央陸軍第十六混成旅，直系，駐湖北。

旅長 馮玉祥，原籍安徽巢縣，生于直隸青縣，陸建章內侄女婿，行伍。1914年9月任，1917年4月調京；1917 年7月任，1918年2月免職，1918年6月銷去免職處分。楊桂堂，1917年4月；董世祿，1918年2月代理。

中央陸軍第十七混成旅，直系，駐湖北。原爲第九師黎天才部，因響應護法被北洋軍擊敗。1917年冬，段祺瑞令其部改編爲第十七、十八兩混成旅。

旅長 張聯升，直隸天津人，保定將弁學堂畢業，張勳舊部，後歸附黎天才。黎部響應護法軍 ，他又叛走南陽，投靠吳佩孚。

中央陸軍第十八混成旅，直系，駐四川。

旅長 趙榮華，1918年2月任。

中央陸軍第十九混成旅，奉系，1918年5月，中日共同防敵軍事協定簽字前成立。

旅長 鮑貴卿，奉天海城人，張作霖親家，北洋武備學堂畢業，奉軍頭目。

旅長 張煥相

中央陸軍第二十混成旅，皖系，駐山東。1918年6月由近畿第一旅改編。

旅長 吳長植

中央陸軍第二十一混成旅，直系，駐湖北。1917年10月由湖北省防團改編而成。

旅長 孫傳芳，山東泰安人，日本陸軍士官學校畢業，王占元舊部，浙奉戰爭後成爲東南霸主。

中央陸軍第二十二混成旅

旅長 劉存勳，1918年1月任。

中央陸軍第二十三混成旅

旅長 汪可權，1918年1月任。

中央陸軍第二十四混成旅，皖系，駐福建。1918年12月由奉天補充旅改編。

旅長 王永泉，直隸天津人，日本陸軍士官學校畢業，徐樹铮舊部，1922年10月在徐樹铮策動下驅逐依附直系的福建督軍李厚基，短暫統治福建。

中央陸軍第四十七混成旅，皖系，駐山東。

旅長 施從濱，安徽桐城人，北洋武備學堂畢業。

中央陸軍第七十五混成旅 ，直系，駐江蘇江陰。1914年由蘇軍第四師一部裁減而成。

旅長 方更生

中央陸軍第七十六混成旅，直系，駐江蘇。1914年由蘇軍第四師一部裁減而成。

旅長 張仁奎