1865年，浩罕國的一位將軍阿古柏率軍侵入新疆南部，並且得到了英國的支持，英國與其簽訂條約，正式承認阿古柏政權。1870年，阿古柏勢力又侵入北疆，占領了烏魯木齊和吐魯番。

眼看著英國勢力的加入，沙俄不想新疆這塊肥肉被英國獨吞，1871年，沙俄侵入伊犁，與阿古柏一南一北形掎角之勢意圖侵占整個新疆。

禍不單行，1874年，日本侵入台灣，清廷東南沿海防務壓力陡增。

清廷東西兩面面臨入侵壓力，1875年，清廷文武百官展開了海防優先還是塞防優先的大討論。海防論以李鴻章爲代表，塞防論以左宗棠爲代表。

海防派的論據有五個：第一，邊防不如海防重要和緊迫，因爲北京距海岸近，而新疆則離京師遠；第二，由于財政苦難和新疆戰役的勝算毫無把握，不得不重新考慮此役是否可行；第三，新疆土地貧瘠，一片不毛之地，不值得花這樣高的代價去收複它；第四，新疆的周圍有沙俄、浩罕強鄰，不能長期固守；第五，緩期收複新疆並不是要放棄這片土地，只不過是保存實力等待他日再行收複。

塞防派也提出了五個論據：第一，新疆是西北防務的第一線，它守衛蒙古，而蒙古守衛著北京；第二，西方列強以及日本在沿海尚未造成直接入侵的危險，而俄國人在新疆的推進已經成爲主要的威脅；第三，不應將邊防軍費轉用于沿海防務，因爲對沿海防務已經撥給固定的軍費；第四，列祖列宗百戰經營的土地不應放棄；第五，烏魯木齊和阿克蘇這樣的戰略要地應首先收複。

左宗棠認爲俄國的侵入是心腹之患，而西方國家在東南沿海的威脅只是肢體之病。這與1681年康熙皇帝先收複台灣，再攻打准噶爾噶爾丹恰好反了過來。

從曆代王朝的經驗來看，塞防一直處于戰略地位，遠遠優于海防，因爲曆代王朝總是面臨北方遊牧民族的入侵。秦漢時期的匈奴，隋唐時期的突厥，兩宋時期的契丹、女真、黨項以及最終滅南宋的蒙古，都是從北方而來，明朝雖然將蒙古族趕回了大漠，但有明一代北元依舊是明朝的心腹大患。發源于北方的滿族王朝，本身就是以一個遊牧民族入主中原的王朝，不能不清楚邊防的重要性。北方遊牧民族數次入主中原，這種曆史記憶刻骨銘心。沙俄從東北、西北多地入侵，大有入主中原之勢，新疆如果失陷，則蒙古、西藏均不能保，河西走廊亦不能保，最終中原將完全暴露在沙俄面前，塞防至關重要。

經過慎重考慮，清廷決定海防塞防並重，新疆必須優先收複。1875年4月23日左宗棠被委任爲欽差大臣，全權督辦新疆軍務。左宗棠爲准備這次戰役而殚精竭慮，不惜向西方列強舉債籌集軍費，最後采取了“緩進速戰”、“先北後南”的策略。1876年，劉錦棠迅速進入新疆，到11月便征服了北疆。1877年3月兵分三路進入南疆，迅速擊潰阿古柏的軍隊，阿古柏于1877年5月29日自殺身死。雖然阿古柏的兒子們繼續作戰，但是已經是強弩之末，到1877年底，除了伊犁這塊小飛地仍爲俄國人占領外，整個新疆已被收複。

1881年，借著收複新疆的余威，曾紀澤代表清廷與沙俄簽訂了《伊犁條約》，1882年清廷收回了伊犁。1884年新疆正式設省，劉錦棠成爲首任甘肅新疆巡撫。至此新疆牢固的掌握在了清廷手中，爲後來中國的遼闊版圖奠定了基礎，左宗棠的功績可謂功在當代，利在千秋。