1948年，國民黨正式召開國民大會，然而這場會議的結果在開會前似乎就已經決定了。原本還抱有期待的程潛，卻意外成爲這場大會最大的輸家。會議開始前，程潛接到蔣介石發來的邀請，一開始蔣介石主動開出了不錯的條件，希望程潛能競選副總統。可隨著大會副總統競選進入到最後一輪，程潛卻接到蔣介石的通知，要求他將自己的選票分給孫科。
此事令程潛意識到蔣介石的真正意圖，他對此感到無比憤怒，沒想到蔣介石到了這個時候還要拿他當工具人。此時，國民黨在正面戰場上節節失利，程潛的心態發生了一定的變化，他對于國民黨眼下的情況非常清楚。國民大會的事情，更是令他心灰意冷。惱怒之下，程潛做出了一個令所有人都感到意外的決定，他主動退出中央，要求到湖南主政。
這個提議令南京政府感到爲難，蔣介石等人覺得非常過意不去，畢竟讓程潛這樣的元老去負責一個省，傳出去實在太不好聽。可此時程潛已經決定要爲後面鋪路，他並不想錯過這個機會，眼看程潛一再堅持，何應欽等人主動送上人情，讓程潛額外負責江西，一人兼管兩省，看起來並沒有虧待程潛。正忙于競選內鬥的南京政府，人們對于程潛這樣一位落選的失敗者並沒有那麽關注。
就這樣，1948年7月24日上午，程潛乘坐的火車抵達長沙東站。盡管很多人對這位受到蔣系與桂系雙重排擠的失勢元老沒有什麽期望，可當程潛走下火車的時候，他看到的是早早在那裏等候多時的湖南軍政要員們。程潛的到來，在湖南社會各界引起了巨大的轟動。
主政湖南之後，程潛依舊高調地喊出了“反共”的口號。不過，在這大張旗鼓的宣傳之下，是程潛一系列反常的舉動。爲了配合南下的解放軍部隊，中共在湖南的黨組織開展了一系列活動，程潛對眼皮底下發生的這一切不予理會，又撤銷了諸多針對中共的政策，同時在湖南開展了一系列打擊貪腐，懲治地主惡霸的工作。此舉引起了蔣介石等人的警惕，也引起了中共的注意。
中央希望能爭取到程潛這樣的元老，渴望他能順應大勢，配合解放軍和平解放湖南等地。爲此，中共開始了行動，先是通過程潛家族中的進步子弟，希望能讓程潛明白。同時湖南政府以及社會各界的開明人士也加入進來，大家都希望程潛能夠帶領湖南起義。可程潛雖然采取了一些行動，但他心中仍然有一個最難過的坎，那就是自己的立場與歸屬問題。
當時，中央公布了許多國民黨戰犯的名單，程潛的名字就在裏面。他一向非常信任的政府顧問方叔章則當面對程潛說：“如果共軍來了，你走哪條路？打吧，蔣介石的幾百萬軍隊都被打垮了。跑吧，去美國你又沒有錢， 去香港你也住不了多久。到台灣蔣介石不會要你，怎麽辦？”
此話道出了程潛的困境，然而程潛依舊猶豫，他非常清楚方叔章話裏的意思，從離開南京後，他就一直在思考自己的去留。如今，程潛之所以還猶豫，是因爲他對于自己在中共那邊的立場並沒有信心。他不清楚中共究竟是如何看待自己的，作爲國民黨元老，又被列爲解放戰爭中排名靠前的戰犯，程潛對起義之後的處境感到十分悲觀。
好在關鍵時刻，毛主席親筆電文令程潛心裏有底，有了主席的支持與肯定，程潛最終下定決心。他調來了自己的學生陳明仁，與他們一同控制了湖南的局勢，最終領導湖南和平起義。
中央對于程潛的選擇非常高興，毛主席更是熱情邀請程潛來到北京參加政協會議。1949年9月9日，程潛一行抵達北京，毛主席等人早早就在車站等候，程潛下車之後，只見毛主席激動地走上前握住他的手，說道：“頌雲兄，久違了，可好啊！”主席的態度，再一次明確了程潛在新中國的身份，要知道這場政協會議邀請了許多民主人士，但真正能讓主席到車站迎接的人只有兩個，一位是宋慶齡先生，另一位便是程潛。
新中國成立後，程潛擔心的事情並沒有發生，毛主席邀請程潛擔任中南軍政委員會副主席，隨後又邀請程潛做了湖南省長。考慮到程潛的年齡問題，主席還主動提出，程潛可以每年半年多的時間住在北京。程潛多次認爲自己的年齡太大，繼續占著省長的位置太不合適，于是主動向毛主席請辭。主席卻堅決不肯，一再挽留，最終程潛一直做了14年的湖南省長。
不過，國內發生的一系列變動，讓程潛原本放下的心又有了一些波動。1957年，國內開始了整風運動，此事對于程潛等一衆國民黨老人們有些敏感。不少人對全國範圍開展的整風感到非常擔憂，程潛作爲國內黨外民主人士的代表，他的一舉一動都受到人們的關注。在湖南召開的政協會議上，不斷有人向程潛提出意見。當時，中央一直號召黨外人士配合執行整風運動，程潛再一次面臨著選擇。
面對人們不斷向自己提出的意見，程潛並沒有親自處理，而是將這些全部都交到了北京，希望中央能協助自己處理此事。很快，程潛等到了北京的來信，中央處書記打來電話，邀請程潛來到北京，希望他能來參加北京舉行的整風運動座談會。程潛意識到這次赴京，對自己來說是一個重要的機會。他希望中央能給出一些明確的信息，尤其是希望能與中央達成一致，明確自己在整風運動中的定位與立場。
實際上，中央正是考慮到這點，才特意邀請程潛來到北京。當程潛趕來北京後，周總理早就等他多時了。在北京程潛的寓所裏，前來拜訪的周總理與程潛倆人在客廳內，秘密會談了一個多小時。身邊的人們並不知道他們倆人到底談了些什麽，不過從周總理離開之後，程潛的表現來看，大家認爲程潛與中央已經達成了一致。因爲，隨後他作爲黨外人士的代表，就特意要求自己的秘書寫了一份關于整風座談會的演講稿。
次日，程潛在講話中指出：“要不要共産黨領導？這本來不是一個問題。誰在今天還提出這樣的問題，或者向共産黨的領導權進攻，只表明他在政治上的幼稚無知和狂妄……且不說共産黨的強大，且不說法律規定了共産黨對我們國家事務的領導權，退一萬步，請問：不要共産黨領導，誰來領導？……我們民革代表舊軍政人員，其他的民主黨派各代表一定階層、階級，這是中國政治曆史形勢和階級力量對比決定的。”
這番言論，無疑明確了自己的立場，也成爲黨外人士在整風運動中立場的代表。顯然，程潛必然與中央取得了一致，他的發言對于整風運動有極大的幫助。不過，程潛的立場仍然受到了很多人的質疑。
不少選擇起義的國民黨將領，感到非常害怕，當初長沙起義的將領裏，就有人找到程潛。他指出程潛作爲起義的代表，政府是不會對他們做些什麽的，可像自己這樣，起義的時候並沒有那麽高軍銜的人，在這場風波裏就很難安定了。面對昔日部下提出的質疑，程潛非常生氣，他認爲中共不會做出過河拆橋的事情，眼下跑來質疑這種事情，反而是主動挑起分裂。程潛堅定的態度，令不少人停止了抱怨，可大家懸著的心並沒有放下。因爲很快，程潛的族弟程星齡受到了波及。
他不僅是程潛的家人，更是長沙起義中，負責與程潛聯絡的重要人員。他卷入到風波之中，令很多人感覺程潛的處境也非常不妙。尤其是針對程星齡的批判很快就在湖南開展，一時間運動迅速步入高潮，輿論一邊倒偏向了批判。盡管此前已經與中央取得了一致，但湖南發生的事情，令程潛的心也沒有底了。他對于這場批判非常不滿，認爲這也是沖著自己來的，盡管統戰部已經事先跟他打好招呼，程潛依舊感到非常生氣。
他對身邊人說：“程星齡是我族弟，蔣介石討嫌他，他和共産黨聯系多，曾身陷國民黨囹圄，還是我借機保他出來。長沙和平起義，他參與謀劃，功不可沒。現在這不是殺雞儆猴嗎？”隨後他多次直言一些事情的弊端，可此時的程潛年齡已經非常大了，他已經沒有太多的精力去管這些事情了。
中央一直都非常重視對于程潛的保護工作，周總理更是將程潛定做首要保護的目標之一。毛主席一直都跟程潛保持著非常好的關系，主席還曾邀請程潛一起出去玩，倆人一同乘船遊玩，主席還親自開船。可是，隨著運動不斷擴大，許多地方都發生了巨大的變化。諸多黨外人士，同樣被卷入了這場運動之中，受到批判，被下獄的人有很多。
由于中央的政策，程潛一家在北京得到保護，但還是難免受到波及。此前族弟的事情，讓程潛家裏感到非常不安。運動的不斷擴大，更是令他們感到非常害怕。1968年，程潛不小心摔傷住院。此時，北京城內不少地方都已經失去了秩序，醫院內更是亂成一團。程潛入院之後，一家人看到了醫院此時的情況，他們更加害怕。眼看著程潛的身體越來越不好，大家心裏都産生了一個疑問，那就是如果運動繼續擴大，一家人還能否不受波及呢？
程潛與妻子都非常清楚，他們還是需要有一個保證，只是他們沒辦法主動提出來。當時，中央內部事情非常多，許多事情都需要盡快處理，周總理等人也忙不過來。這種時候，自然不好爲這類事情去煩擾總理他們。可是很快，程潛的病情開始惡化，4月9日，程潛在醫院中病逝。去世前，他還是非常擔心自己的家人，又對當時一些事情感到擔憂，這位對中國革命産生過巨大影響的革命元老，最終還是帶著遺憾離開了人世。
得知程潛病逝，中央高度重視，周總理得知此事非常傷心，連忙趕來吊唁。總理清楚，程潛生前是希望能以棺木下葬，可程潛的妻子郭翼青知道眼下是特殊時期。因此，她沒有選擇遵照程潛的遺願，堅持使用火葬。總理反複勸說無果，只能同意。
4月12日，程潛的追悼會如期舉行，李宗仁等人還是趕來參加了程潛的葬禮。總理結束了忙碌的工作後，在次日特意來到程潛的家裏，慰問其家屬。見到總理親自到訪，郭翼青非常高興，他們交談了之後，郭翼青還是忍不住問出了之前她們一家人一直關注的這個問題：“程潛究竟算什麽人？我們家到底算什麽成分？”
聽到程潛夫人這麽說，總理清楚他們的擔憂。如今特殊時期，像程潛這類定爲模糊的人，家人確實容易受到沖擊。于是總理肯定地答道：“頌公當然是革命幹部嘛！他與共産黨合作那麽多年，抗日功勳卓著，和平起義義聲昭著，還是一級解放勳章的獲得者。解放後，身兼要職，鞠躬盡瘁，死而後已。你們的家庭當然是革命幹部家庭嘛！”這番話讓程潛一家一直懸著的心終于落地，同時也給程潛同志定了性。
