新疆軍區作爲我國最西端、防區面積最大的省級軍區，自1949年誕生起便肩負重任，與其他省軍區相比，新疆軍區至少有七項與衆不同的特點。

2016年軍改中，新疆軍區、西藏軍區和北京衛戍區一同轉隸陸軍，直接受陸軍總部管轄，與西部戰區陸軍平起平坐，專職守護我國西部邊陲。其余省軍區、直轄市警備區則轉隸軍委國防動員部，轉變爲國防動員機構。這主要是因爲新疆軍區下轄大量地面作戰部隊，國防動員部無法履行指揮職能，日常管理和建設交由陸軍更爲合理。

早在1998年10月，新疆軍區已由正軍級晉升爲副大軍區級，司令員、政委均爲中將，比一般省級軍區高出半級。實際上，我國省級軍區中，全國僅有新疆軍區和西藏軍區擁有副戰區級建制，北京衛戍區始終保持正軍級。軍改前，北京衛戍區的軍政主官常高配爲副大軍區級中將，導致外界誤以爲其爲副大軍區級單位。

——現任新疆軍區司令員柳林中將

新疆軍區不僅負責新疆自治區的邊防任務，還“額外”承擔起西藏阿裏地區的防守重任。原因有二：一是阿裏距拉薩直線距離超過1100公裏，惡劣的地形地貌嚴重阻礙了其與西藏腹地的陸路聯系；二是阿裏與新疆距離最近，兩地間交通設施相對完善，物資、人員、裝備可順暢輸送，故從邊境防務全局出發，阿裏地區的軍事建設和防務工作交由新疆軍區負責。如此一來，新疆軍區作爲省級軍區，其防區跨越兩個省級行政區，這在全國獨一無二。

2016年軍改後，陸軍所屬18個集團軍基本完成師改旅，轉爲“軍—旅—營”體制。新疆軍區至今仍保留4個合成師，並構建了獨特的“合成師—合成團—合成營”體系。此外，新疆軍區還擁有陸航旅、特戰旅、防空旅、炮兵旅等多個旅級部隊，成爲陸軍中唯一兼具師和旅兩種作戰單位的組織。北京衛戍區雖有警衛師，但無旅；西藏軍區和各集團軍則有旅無師。

——央視新聞報道新疆軍區某合成師

新疆軍區野戰部隊規模龐大、種類齊全，戰鬥力強勁，整體實力遠超陸軍單一集團軍。新疆軍區“天山雄師”、“高原勁旅”、“天山鐵騎”和“新西蘭紅軍師”4個現代化合成師，編制大于合成旅，但建設方式與合成旅相同，在兵力規模大于解放軍合成旅的同時，信息化程度和武器裝備性能與合成旅相當。“天山鐵騎”師全系裝備99A坦克，“天山雄師”、“高原勁旅”兩個合成師則大量裝備15式輕型主戰坦克、04A步兵戰車等新型兵器，且這四個合成師均配備有陸航、炮兵等作戰力量。

鮮爲人知的是，新疆軍區還統管正軍級的南疆軍區。南疆軍區創建于1951年11月，直轄喀什、阿裏、和田、阿克蘇、巴音郭楞、克孜勒蘇等6個軍分區及大量邊防、野戰部隊。主要負責維護新疆南部及西藏阿裏地區的安全穩定和領土主權，其防區內邊境線長達3500余公裏。

2016年軍改後，全軍文工團僅剩解放軍文工團、新疆軍區文工團和西藏軍區文工團。如南京軍區前線文工團等多數軍隊文工團被裁撤，但新疆軍區和西藏軍區成爲極少數擁有文工團的省級軍區。新疆軍區文工團隸屬于新疆軍區政治工作部，其主官級別達大校副師級。鑒于新疆、西藏兩地環境艱苦，爲了給當地駐軍提供文化娛樂，一支專門的文藝團體顯得尤爲重要。